Aksi teror Al Qaeda yang sampai saat ini tidak dapat dilupakan adalah Bom Bali, selain Bom Kedubes Australia, Bom Kedubes Filipina dan tentatan Bom Malam Natal. Badan Intelijen Negara yang saat itu dipimpin Jenderal TNI Abdullah Mahmud Hendropriyono dan Dr As’ad Said Ali membentuk Tim Adras yang dipimpin Mayor Muhammad Andika Perkasa untuk memburu Omar Farouk, dan berhasil. Keberhasilan ini kemudian membuka peta jaringan JI dan Al Qaeda serta basis-basis dan sumber-sumber pendanaannya, tidak hanya di Indonesia akan tetapi juga di kawasan Asia Tenggara dan sejumah negara di kawasan Great Middle East.
Setelah munculnya ISIS di tahun 2012, pamor Al Qaeda meredup dan aksi-aksi teror di Indonesia didominasi oleh ISIS. Tercatat Bom Sarinah, Bom Gereja Surabaya, Bom Gereja Makassar dan Bom Polsek Astana Kota Bandung. Sementara itu, JI hanya melakukan konsolidasi internal dan penghimpunan dana dengan cover penggalangan donasi sosial.
Juni 2024, Amir JI Para Wijayanto bersama belasan tokoh JI lainnya menyatakan pembubaran JI yang mendapatkan sambutan baik dari sejumlah pihak. Hanya saja, sebagian anggota JI masih ada yang tidak menginginkan JI membubarkan diri. Mereka ini perlu diwaspadai karena HTS telah menciptakan episentrum baru di Aleppo dan menjadikan Suriah Utara sebagai palagan pertempuran.
