Amir JI Karam Zuhdi menderita sakit keras, harus dirawat di luar penjara, yang harus mendapatkan izin tidak hanya dari Kementerian Dalam Negeri yang membawahi kepolisian dan penjara, Kejaksaan Agung, Mahkamah Agung, tapi hingga Kementerian Pertahanan, karena merupakan narapidana terorisme dalam kasus pembunuhan Presiden Anwar Sadat.
Jalur birokrasi itu ditabrak oleh Jenderal Ahmad Rifaat, yang berpandangan bahwa para pemimpin JI adalah manusia yang berhak untuk hidup. Tentunya, melanggar peraturan, akan tetapi memberi bekas yang kuat di dalam hati para pemimpin JI, bahwa para sipir penjara adalah manusia yang memiliki rasa kemanusiaan.
Kisah kemanusiaan ini kemudian menimbulkan kedekatan dengan antara Jenderal Ahmad Rifaat dengan para pemimpin JI. Bahkan Jenderal Ahmad Rifaat masuk berdiskusi dengan para pemimpin JI di sel kurungan mereka, sendirian tanpa pengawal sama sekali.
Langkah pertama ini membuahkan hasil dengan keinginan untuk memahami ajaran-ajaran Islam yang benar. Kemudian didatangkanlah sejumlah ulama di antaranya adalah Syaikh Mutawalli Sya’rawi, Syaikh Muhammad Al Ghazali, Syaikh Ali Jum’ah, hingga Prof. Muhammad Salim Al-‘Awwa, kader IM yang moderat dan pakar hukum konstitusi.
Diskusi-diskusi ilmiah keagamaan di penjara kemudian memberikan hasil positif. Para pemimpin JI seperti Najih Ibrahim, Karam Zuhdi, Usamah Hafidz, Isham Darbalah dan Ashim Abdul Majid menulis sejumlah karya bersama yang berkaitan dengan takfir, hijrah, teror dan jihad, sebagai perlawanan terhadap narasi-narasi Al Qaeda yang tengah menarget negara-negara Arab, bahkan Arab Saudi sendiri, salah satunya yaitu teror atas kota Riyadh, ibukota Arab Saudi.
Tidak hanya itu, aksi-aksi teror yang dilakukan oleh kader-kader JI yang berada di luar penjara, mulai berkurang, bahkan habis. JI kemudian menghapus sayap militer dan membuat inisiatif mengakhiri aksi kekerasan, yang disaksikan oleh jurnalis senior Makram Muhammad Ahmad.
Setelah keluar penjara pada tahun 2005, para pemimpin JI hidup normal membaur bersama masyarakat. Karam Zuhdi mendirikan firma hukum. Najih Ibrahim berprofesi sebagai dokter kulit membuka klinik di distrik Hadrah Alexandria.
Hubungan dengan para tokoh yangberdialog di dalam penjara masih terjalin terkhusus Syaikh Ali Jum’ah yang kemudian mendirikan yayasan Misr Khair yang bergerak membantu masyarakat miskin. Tidak sedikit pasien yang tidak memiliki biaya untuk berobat dan harus dirujuk ke rumah sakit, dr. Najih Ibrahim membantu mereka dengan meminta bantuan pendanaan kepada yayasan Misr Khair untuk pasiennya.
Saat gejolak tahun 2013, kader-kader Ikhwanul Muslimin melancarkan aksi-aksi teror. Aparat Keaamanan Mesir berhasil menangkap sebagian dari mereka. Bersama sebagian ulama Al Azhar, dr. Najih Ibrahim dan beberapa rekannya mantan pimpinan JI, terlibat dalam deradikalisasi dalam bentuk dialog dengan para tahanan yaitu kader-kader Ikhwanul Muslimin yang berada di dalam penjara.
Tidak sedikit dari mereka yang sadar dan kemudian keluar dari penjara. Mereka akhirnya memahami bahwa konflik antara Ikhwanul Muslimin dengan Negara bukan konflik agama, akan tetapi konflik politik, di mana Ikhwanul Muslimin kalah dalam dinamika politik.
Dari sini, dapat kita resapi, bahwa penggalangan para mantan teroris adalah suatu keharusan. Bagi dr. Najih Ibrahim, paling penting para mantan teroris tidak hanya berperan dalam proses deradikalisasi para teroris, akan tetapi juga memberi edukasi kepada masyarakat akan bahaya radikalisme dan terorisme, baik melalui media massa atau mimbar-mimbar akademik.
Saat memimpin BIN, salah satu tugas penting Prof AM Hendropriyono adalah menumpas jaringan teroris Al Qaeda yang telah melakukan aksi-aksi teror, seperti Bom Bali, Bom Kuningan, Bom Gereja dan aksi-aksi teror lainnya. Maka dari itu, penggalangan para mantan teroris baik itu dari NII, JI, Al Qaeda atau ISIS, yang telah dicap sebagai musuh oleh kelompok asalnya, adalah suatu keharusan.
Penggalangan para mantan teroris ini kemudian membantu keberhasilan BIN dalam menangkap sejumlah teroris, baik mereka yang merupakan orang Indonesia, atau orang asing. Contohnya adalah Omar Faruk, salah satu tangan kanan Osama bin Laden yang berhasil ditangkap BIN, melalui tim sergap yang dipimpin Andika Perkasa.
