Penggerebekan tersebut memicu Intifada Kedua, sebuah pemberontakan Palestina, dan sejak saat itu, otoritas Israel mulai melanggar status quo dalam skala yang jauh lebih besar.
Pertama, pasukan Israel mulai secara teratur ditempatkan di dalam halaman dan gerbang masjid, memberlakukan pembatasan terhadap siapa pun yang diizinkan masuk, seperti melarang pria di bawah usia 40 tahun dan warga Palestina dari Gaza dan Tepi Barat.
Pada saat yang sama, otoritas Israel mencabut wewenang Wakaf untuk mengontrol kunjungan, membuka pintu bagi apa yang digambarkan Palestina sebagai penggerebekan oleh orang-orang Israel ultranasionalis, yang seringkali dilakukan di bawah perlindungan penjaga bersenjata lengkap.
Penggerebekan ini diorganisir oleh kelompok-kelompok yang dikenal sebagai aktivis Temple Mount, yang terdiri dari organisasi-organisasi Israel yang menyerukan penghancuran Masjid Al Aqsa dan pembangunan Bait Suci Ketiga sebagai gantinya.
Selain itu, sejak tahun 2000, Israel telah secara terbuka melakukan penggalian di bawah Masjid Al Aqsa, sebuah pelanggaran signifikan lainnya terhadap status quo.***