قام المستعمرون الهولنديون في عام 1848 بتقسيم المجتمع في إندونيسيا إلى الأوروبيين والأمم الأصلية ثم تطور هذا التمييز إلى الأوروبيين والأمم الشرقية الأجنبية أي العرب والصينيين والهنود الذين جاءوا للتجارة في إندونيسيا منذ عام 1920 بالإضافة إلى جزر الأرخبيل مع دلالة مهينة كأمة أصلية.
تتكون الأمة الأصلية التي تسمى الآن إندونيسيا من قبائل أصلية تبدأ من أقصى الغرب وهم آتشيه إلى أقصى الشرق بابوا وتبدأ من أقصى الشمال ميانغاس وميناهاسا إلى أقصى الجنوب روتي نوسا جنوب الشرق الشرقية.
تتمتع هذه القبائل الإندونيسية الأصلية بحقوق محدودة تمامًا مثل الهنود في أمريكا والشعوب الأصلية في أستراليا والشعب الماوري في نيوزيلندا.
وحتى في إندونيسيا تتعرض القبائل الإندونيسية الأصلية لإهانة عظيمة وهو ما ينعكس في اللافتات العديدة في الأماكن العامة التي تقول ممنوع على الكلاب والسكان الأصليين (Verboden voor honden en inlander).
في وسائل الإعلام العالمية والمحلية هناك دائمًا أخبار وصور عن الشعب الإندونيسي المعوز الذي يبدو غبيًا كما هو موضح في صحيفة مجلة بينتانع هنديا الصادرة عام 1905 أراد هؤلاء الأجانب القضاء على الأمة الإندونيسية الأصلية واستبدالها بأمهم المهيمنون على إندونيسيا.
وقد أثبت التاريخ أن الأمريكيين والأستراليين والنيوزيلنديين الذين نعرفهم اليوم هم في الواقع أشخاص أجنبيون الذين هاجروا أجدادهم. جاءت الأجنبيون المهاجرون إلى إندونيسيا موجة بعد موجة بسلوك اجتماعي مختلف على سبيل المثال العرب الحضرموت الذين قدموا من اليمن والذين قدموا في القرن التاسع عشر وأيضًا بعد ذلك وهي الموجة الثالثة من المهاجرين العرب الآخرين.
ولا يرغب الكثير منهم في الاندماج مع السكان الأصليين لذا فإن هذا يختلف عن موجات هجرة العرب السابقة. كانت الموجة الأولى من المهاجرين في القرن السابع والموجة الثانية في القرن الرابع عشر والموجة الثالثة في القرن الثامن عشر. أما الموجة الثالثة من المهاجرين العرب في القرن الثامن عشر وما بعده فلا تزال تحتفظ بأسماء عشائرهم الأصلية مثل القادري والعيدروس والحبشي والعطاس والجفري وصحاب وشهاب والسقاف وباسويدان وغيرهم.
ومع ذلك، فإن تأثيرات العرب في مجال الثقافة كبير لأنه سهل من خلال أنشطتهم نشر الإسلام الذي يلتزم به بالفعل الشعب الإندونيسي منذ عهد الأولياء التسعة في البلاد منذ القرن الرابع عشر. السلطنة العربية في عهد الاستعمار الهولندي مع سلطانه السابع الذي يحكم مدينة فونتياناك اسمه عبد الحميد القادري الثاني عينوه المستعمرون الهولنديون حارسا خاصا للملكة الهولندية برتبة لواء .
بسبب سياساتهم المتمثلة في القتال البعض بالبعض في 23 أكتوبر 1771 أعطى المستعمرون الهولنديون بصرف النظر عن دعم إنشاء السلطنة العربية في فونتياناك قوة متزايدة إلى "الجمهورية الصغيرة" لعمال مناجم الذهب وهم الرأسماليون الصينيون في منطقة مونتيرادو في كاليمانتان الغربية.
وفي عام 1776 أصبحوا أكثر حرية في تنظيم الحكومة والأمن والقضاء. بالإضافة إلى علمهم الخاص تقدمت شركة جمهورية تاي كونغ الصينية في إندونيسيا بسرعة كبيرة في مجال التجارة والاقتصاد وتحدت الهولنديين منذ 20 يناير 1823 حتى هزيمتهم بعد انتهاء حرب مونتيرادو عام 1855. نجح الهولنديون في تحريض السكان الإندونيسيين الأصليين على كراهية السكان الصينيين والتي ثبت أنها كانت هناك عدة اشتباكات عنصرية في التاريخ الإندونيسي.
الصينيون الذين هاجروا إلى إندونيسيا منذ القرن الخامس وفي القرن التاسع عشر اندمجوا أكثر فأكثر مع السكان الأصليين وغيروا أسمائهم أو أضافوا أسمائهم بأسماء مستعارة إلى أسمائهم الإندونيسية الأصلية كما نرى الآن العديد من الأشخاص مثل رودي حارتونو وبودي سوراتماجا وليو طاهر وحتى الألقاب الإندونيسية مثل مانانتو سيتوروس وإيدي مانتيري وفيليكس راوياي وغيرهم.
مع مرور القرون من المعاملة التمييزية من المستعمرين الهولنديين مع الأوروبيين و الشعوب الأجنبيين الشرقيبن على السكان الإندونيسيين الأصليين أصبح شعور الشعب الإندونيسي بالدونية طويل الأمد لدرجة أنه لم يعد لديهم إحساس بقدرتهم على أن يكونوا قادرين للقيادة على أنفسهم. وهذا موقف مثير للسخرية مقارنة بتاريخ الحضارة الباهرة للشعب الإندونيسي، قبل ظهور الشعوب الغربية والشرقية الأجنبية إلى الأرخبيل في القرن السادس عشر.
